Als auf dem Jahrtausendfest ein neu entwickelter Teleporter nur fehlerhaft funktioniert, muss der junge Crono durch die Zeit reisen, um seine glücklose Gefährtin vor drohenden Gefahren aus der Vergangenheit und der Zukunft zu retten. Aus den Ereignissen folgt ein unvergessliches Abenteuer, das zur Entdeckung einer bösen Macht führt, die auf die Zerstörung der Welt aus ist. Für Crono beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, um den Lauf der Geschichte zu verändern und für eine bessere Zukunft zu sorgen.