Spieler werden in Footgun: Underground vor eine ganz besondere Herausforderung inmitten einer düsteren Pixel-Art-Arena gestellt. Ausgestattet mit einem bionischen Bein und High-Tech Bällen müssen sie sich durch ein unterirdisches Bahnnetz voller postapokalyptischer Monster kämpfen. Das Kampfsystem vereint dabei Roguelike mit Fußball und Billiard-Elementen, bei dem die jeweiligen Levelumgebungen wie Wände, Decken und auch andere Bälle genutzt werden müssen, um Gegner erfolgreich auszuschalten. In klassischer Roguelike-Manier ändert sich das Bahnnetz mit jedem Run und nach jedem Level locken neue Verbesserungen.