PES 2012 3D bietet eine Vielzahl neuer, spielerischer Elemente, darunter volles Online-Spiel. Enthalten ist auch die exklusive UEFA Champions League Lizenz sowie der Copa Libertadores Klub-Wettbewerb.
Entscheidend in PES 2012 3D ist die komplette Kontrolle über das Spielgeschehen: Jeder Schuss, Steilpass und jede Grätsche werden präzise entweder über das Circle Pad und die Buttons kontrolliert. Oder es kommt die neue Touch Screen Steuerung zum Einsatz, bei welcher die Spieler den Nintendo 3DS Stylus benutzen, um ihre Kicker zu bewegen.
Auch die populäre Meister Liga ist nun fester Bestandteil von PES 2012 3D. Darin formen und führen die Spieler ein Fußball-Team und schmieden aus zunächst unbekannten Spielern eine Elf, die es bis zu höchsten Fußball-Ehren bringt. Ebenfalls mit dabei im neuen Spiel ist der „Werde zur Legende“ Modus. Darin nehmen die Spieler die Rolle eines talentierten Fußballers ein, der es bis ganz nach oben an die Weltspitze schaffen will. Andere Ergänzungen umfassen neue Liga- und Cup-Wettbewerbe, Freies Training, in dem die vielseitigen Kontrollmöglichkeiten geübt werden können, sowie einen Editier-Modus.
Aufgrund der großen Nachfrage von Spielern und Fans der Serie bietet PES 2012 3D nun auch vielseitige Online-Elemente. Die Spieler treten entweder Wireless oder über die Nintendo Wi-Fi Verbindung gegen einen Freund in Eins-gegen-Eins Matches an. Zudem hat KONAMI das StreetPass System zum Datenaustausch überarbeitet. PES 2012 3D Spieler können nun Meister Liga Team-Daten mit anderen Nintendo 3DS Usern tauschen. Dabei besteht die Möglichkeit, gegen das CPU-gesteuerte Team eines anderen Spielers anzutreten.
